Metales pesados. La toxicidad de este elemento en humanos ha sido documentada a través de la historia. Está presente en el ambiente de forma natural en pequeñas cantidades y como producto de las actividades industriales. Cuando se encuentra en la tierra puede ser depositado o absorbido por las plantas, incluyendo aquellas destinadas para la alimentación y no siempre es eliminado en algunas etapas del procesamiento de alimentos, inclusive puede incorporar cantidades mayores. A nivel nacional o internacional existen especificaciones para productos de confitería como dulces, chocolates, sus materias primas y materiales en contacto con los mismos.

En 1994, la Administración de medicamentos y alimentos (FDA por sus siglas en inglés) de Estados Unidos de Norteamérica, reportó la presencia de dulces mexicanos contaminados con plomo que había migrado de la tinta utilizada en la impresión de la envoltura, a partir de esa fecha se inició la investigación y vigilancia continua. Se propuso que altos valores de este elemento podrían ser asociados con los ingredientes utilizados, por ejemplo: chile, agua, azúcar, aditivos, sal, estableciendo un valor máximo de 0.5 partes por millón (ppm) que en ese tiempo era la especificación del Food Chemical Codex para plomo en sucrosa (azúcar) el principal ingrediente en algunos dulces. El azúcar puede ser elaborado por etapas sucesivas de re-cristalización y cuando se aplican Buenas prácticas de manufactura los resultados de plomo son muy bajos de < 1 ppb equivalente a 0.001 ppm.

En el 2002, la FDA giró un comunicado sobre contenido inevitable de plomo en los alimentos y dispuso bajos niveles de plomo en un rango de concentración de 0.1 a 10 ppm para aditivos de color, dióxido de titanio, etc. En el 2004, ese organismo giró un comunicado a los industriales para reducir sus niveles de plomo en dulces y anunció un nivel de acción para valores superiores de 0.1 ppm, al ser catalogados como productos consumidos frecuentemente por los niños, estándar que se mantiene hasta este momento.

En el 2015, un grupo de consumidores de San Francisco, California analizó plomo y cadmio en más de 50 marcas de chocolate, encontrando en 35 de ellos niveles inseguros de alguno o ambos elementos, en base a la estricta legislación de ese estado. De acuerdo a la Sentencia 65 si los metales no son removidos a niveles seguros, las personas deber ser informadas para que los consumidores se protejan por sí mismas. Se cree que pequeñas trazas de plomo ambiental podrían ser absorbidos por las plantas de cacao. El análisis de plomo realizado en CIATEJ confirma regularmente valores inferiores de 0.1 ppm para caramelos o dulces mexicanos de exportación.

Micotoxinas. Algunos mohos producen metabolitos secundarios tóxicos capaces de causar enfermedad a los humanos. En semillas como cacahuate y pepitas utilizadas para la fabricación de palanquetas o jamoncillos se han detectado aflatoxinas. La semilla de calabaza, al ser extraída, es inocua; pero durante el secado o almacenamiento el hongo se desarrolla y comienza a producir metabolitos que, a su vez, generan micotoxinas, el hongo muere al ser sometido a procesos térmicos, sin embargo los compuestos cancerígenos permanecen en la semilla. Otros productos como nueces, cacao y frutos secos también pueden estar expuestos. Algunos países han establecido como límite máximo para el total de aflatoxinas en los alimentos 20 ppb como medida de protección para los consumidores.