El 24 de agosto de 1976, gracias a la unión de voluntades del Gobierno del Estado de Jalisco, la Universidad de Guadalajara, empresarios locales y de entidades federales con presencia en Guadalajara como el CONACYT, el Instituto Mexicano de Comercio Exterior (IMCE) y los Laboratorios Nacionales de Fomento Industrial (LANFI) se fundó el CIATEJ, con el fin de atender inicialmente a los sectores de producción de la joyería, calzado y del vestido.

En 1978 se puso en funcionamiento el laboratorio de análisis y control de la calidad con el objetivo de impulsar actividades de asesorías y estudios técnico-industriales, servicios de información a la industria y servicios de laboratorio. Por ejemplo, se hacían pruebas para el control de calidad para el cuero o las suelas de los zapatos, se realizaban análisis de oro, plata y de minerales.

Fue en el año de 1982 cuando se realizaría un cambio que marcaría el futuro de la institución, se enfocaría en atender las demandas tecnológicas de la industria química, agroalimentaria y farmacéutica, así como el estudio del medio ambiente y los recursos bióticos, todo esto a través de un eje central: la biotecnología.

Desde el año 2000, el CIATEJ se integró al Sistema de Centros Públicos de Investigación   CONACYT.  Hoy en día, dentro de la estructura del CONACYT, forma parte de la Coordinación 3,la cual se centra en los temas de Medio Ambiente, Salud y Alimentación, realizando actividades de investigación, desarrollo tecnológico e innovación (I+D+i),  ofreciendo servicios tecnológicos y además formando recursos humanos de alto nivel, todo esto con el fin de dar soluciones tecnológicas y humanas que ayuden a los de los sectores agrícola, alimentario, salud y medio ambiente, mediante la biotecnología. Todo esto con el fin de encaminar al país hacia una sociedad y economía del conocimiento.